A1.
腸内細菌叢の変化（dysbiosis）が先か、病態が先かというご質問ですが、両方がお互いに増補しあっているということだと思います。
例えば、食事やストレスなどの影響で腸内細菌叢のバランスに乱れを生じると生体に影響を及ぼします、すると生体がそれに反応して様々な代謝物質を出したり免疫反応を起こして、それが腸内細菌叢に影響を及ぼす、それがまた生体に影響を及ぼし、そして結果的に悪い方向に変化するということではないかと思います。
最初のきっかけが、何かのきっかけで病気になってそれが腸内細菌叢に影響を及ぼした、という形もあるのではないかと思います。

A2.
基本的に、一度定着した細菌は取り除けません。
加齢、食事や体調などの影響により細菌叢が変化する、というのは構成菌種の割合の変化を言っています。
腸内細菌叢で個体識別ができるという考えは、腸内細菌叢の菌種により判定されます。
一度定着した細菌種の種類はほとんど変わらないので、個体識別は可能である、という考え方です。

A3.
基本的に、100歳以上の高齢者は特定の病気になれば生きていられないと思います。
実際のところ、100歳以上のヒトの糞便や唾液を採取するためには、医師の資格をもつ方が訪問しないと、なかなか採取をしていただけない、ということです。
余談ですが、100歳以上になると死に難くなるようです。99歳頃まではある一定の割合で年齢ごとに亡くなられていますが、100歳を過ぎると横ばいになります。
100歳以上の方のもつ腸内細菌叢やその代謝系について興味深いデータが出ております。
それをどう解釈し、若い人たちの健康に、どのように関連付けていくのかがこれからの課題だと思います。